本发明提供了一种快速长片段扩增酶及其在KIR基因测序中的应用。所述的快速长片段扩增酶为经氨基酸序列修饰的可快速扩增长片段的DNA聚合酶,所述的修饰的DNA聚合酶与未修饰的DNA聚合酶的氨基酸序列相比,进行如下突变:第145位的亮氨酸L突变为谷氨酰胺Q,第719位的缬氨酸V突变为天冬酰胺N,所述快速长片段扩增酶的编码基因的核苷酸序列如SEQ ID NO 48所示。本发明具有如下技术效果:1)本发明的DNA聚合酶为经氨基酸序列修饰的可快速扩增长片段的DNA聚合酶,能够实现对长片段目的序列的快速准确扩增;可在一个PCR反应实现对KIR亚型基因的全长扩增,长至16kb